برنامه‌ریزی بخش مشاوره مدارس سلام به گونه‌ای است که هر دانش‌آموز مشاوره پایه مخصوص خود را خواهد داشت. مشاوری که به صورت تمام وقت تمام امور آموزشی و تحصیلی دانش‌آموز را پیگیری خواهد کرد. این فرایند در خلال برگزاری کلاس‌ها و کارگاه‌های آموزشی و مشاوره‌ای و همچنین مشاوره‌های فردی صورت می‌گیرد. ضمن اینکه برگزاری کلاس‌های منظم آموزش خانواده با حضور مشاوران و و روانشناسان برتر کشور، در دستور کار فعالیت‌های این بخش قرار دارد.